Berawal dari pengajian anak-anak Ahad pagi, berkembang pemikiran dari pengurus Yayasan dan aktifis masjid Al Ikhwan Meruya mengenai adanya pembelajaran agama yang lebih teratur berdasarkan kurikulum yang berlaku. Tercetuslah ide membuat madrasah atau sekolah agama yang diberi nama Pendidikan Islam Al-Ikhwan (PIA), ini setara dengan Taman Pendidikan Al-Qur'an (TPA/TPQ) yang bekerjasama dengan YPI Al Azhar.

Taman Pendidikan Al-Qur'an (TPA/TPQ) merupakan lembaga atau kelompok masyarakat yang menyelenggarakan pendidikan nonformal jenis keagamaan Islam yang bertujuan untuk memberikan pengajaran membaca Al-Qur'an sejak usia dini, serta memahami dasar-dasar dinul Islam pada anak usia taman kanak-kanak, sekolah dasar dan atau madrasah ibtidaiyah (SD/MI) atau bahkan yang lebih tinggi. TPA/TPQ setara dengan Raudhatul Athfal RA dan taman kanak-kanak (TK), di mana kurikulumnya ditekankan pada pemberian dasar-dasar membaca Al-Qur'an serta membantu pertumbuhan dan perkembangan rohani anak agar memiliki kesiapan dalam memasuki pendidikan lebih lanjut.

Pahun 1990 telah dibuka Pendidikan Islam Al-Ikhwan (PIA) dengan jenjang pendidikan dimulai dari kelas I s.d kelas VI, sebagai awal rintisan di bidang pendidikan. Kemudian disusul dengan dibukanya TK Al-Quran Al-Ikhwan, yang di pimpin oleh Kepala Sekolah H. Ismail Joli dari Tahun 1990 s.d 1993. Selanjutnya pada Tahun 1993 di pimpin oleh H.M. Tamsir, dengan jumlah murid pada saat itu sebanyak 350 anak, termasuk anak-anak yatim di sekitar komplek Taman Meruya Ilir, sedangkan tenaga gurunya dibantu dari YPI Al Azhar.

Pada Tahun 1992 dibuka pendidikan Taman Kanak-Kanak Al-Quran (TKA). Kepala TKA dipimpin oleh Hj. Rokhimah, yang sehari-harinya juga sebagai Kepala TK Islam Al Azhar. Karena ketentuan dari YPI Al Azhar tidak boleh merangkap jabatan, maka pada Tahun 1993, TKA di pimpin oleh Hj. Aroh Musyassaroh sebagai Kepala TKA. Sebagai Kepala TKA Hj. Aroh Musyassaroh di damping oleh dua guru kelas yaitu Ami Sudarlina dan Asiyah/Esi. Mengingat kesibukan Hj. Aroh Musyassaroh, beliau mengundurkan diri sebagai Kepala TKA dan digantikan oleh Ami Sudarlina menjadi Kepala TKA dari Tahun 1996 sampai sekarang, sebenarnya jabatan ini sudah cukup lama, karena belum ada yang menggantikan akhirnya jabatan tetap diterima sebagai sebuah amanah dan sekaligus jadi bagian ibadah dan ikhtiar dalam kebaikan.

Pada tahun 2022 Pengurus Yayasan Al-Ikhwan Meruya mengadakan rapat bersama dengan pengurus Pendidikan Islam Al-Ikhwan (PIA) dan Taman Pendidikan Al-Qur'an (TPA) untuk membahas kurikulum pembelajaran dan hal lain untuk memajukan pendidikan nonformal dilingkungan sekitar.

Berdasarkan hasil rapat Pengurus Yayasan Al-Ikhwan Meruya tanggal 20 Juni 2022, mengeluarkan Surat Keputusan (SK) Pengurus Yayasan Al-Ikhwan Meruya Nomor: 50/YAIM/VII/2022. Memutuskan dan Menetapkan Keputusan Ketua Pengurus YAIM tentang penggabungan Pendidikan Islam Al-Ikhwan (PIA) dan Taman Pendidikan Al-Quran (TPA) menjadi Taman Pendidikan Al-Quran Al-Ikhwan (TPQ Al-Ikhwan). Serta mengangkat Amy Sudarlina, sebagai Kepala Taman Pendidikan Al-Quran Al-Ikhwan, periode 2022 sampai dengan 2025.